Wolfgang Seifen wuchs in Oberaußem im Kreis Bergheim auf. Bei Hermann Kräling erwarb er grundlegende Kenntnisse in Musiktheorie, Klavier und Orgel. Ab 1967 besuchte er das Musikgymnasium der Regensburger Domspatzen. Von 1973 bis 1976 studierte er katholische Kirchenmusik am Gregoriushaus in Aachen. Von 1976 bis 1983 war er Kirchenmusiker an St. Sebastian Nettetal-Lobberich und, von 1983 bis 2000, Organist an der Päpstlichen Marienbasilika zu Kevelaer. Dort etablierte er den Freundes- und Förderkreis der Basilikakonzerte und die Internationalen Orgeltage. Zusammen mit Paul Wißkirchen gründete er die Internationale Altenberger Orgelakademie für Improvisation und war von 1987 bis 2022 deren ständiger Dozent.